Il 25 maggio 1995 il gip Maria Cristina Mannocci chiede la restituzione del passaporto diplomatico n. 013360 e il 29 maggio Craxi viene iscritto nel registro generale delle notizie di reato. Luca Josi riconsegna il passaporto all'inizio del mese di luglio.
Il 3 luglio il sostituto procuratore Piercamillo Davigo ordina di procedere agli accertamenti tecnici sul passaporto e nomina come consulente tecnico della procura Sebastiano Gugliantolo. L'avvocato Guiso si oppone agli accertamenti ma il 6 luglio Davigo richiede alla Mannocci l'incidente probatorio.
Le udienze di incidente probatorio si svolgono fra il 13 e il 24 luglio 1995.
Vengono nominati due tecnici per analizzare il passaporto: Giuseppe De Bernardi Di Valserra come consulente di parte, il quale, nelle sue osservazioni preliminari del 15 settembre sosterrà che il passaporto non presenta segni di alterazione volontaria né tanto meno di contraffazione, e Giovanni Bottiroli per il tribunale, il quale nella sua relazione del 18 settembre sulle analisi microspettroscopiche eseguite sul passaporto diplomatico sostiene che il passaporto di Craxi è stato falsificato in quanto su alcune pagine vi sono tracce dei solventi usati per cancellare i visti d'entrata e di uscita.
Il 5 aprile 1996 il sostituto procuratore della Repubblica Paolo Ielo chiede il rinvio a giudizio per Craxi e il 5 marzo 1997 il gip Mannocci fissa l'udienza preliminare per il 4 giugno 1997.
Nella sentenza emessa nei confronti di Craxi il 30 settembre 1997 il gip Maria Cristina Mannocci, dichiara la propria incompetenza in favore della Pretura circondariale di Milano.
Il 27 ottobre 1997 il sostituto procuratore della Repubblica presso la Pretura circondariale di Milano Stefano Aprile, invita Craxi, quale persona sottoposta alle indagini a presentarsi il 29 novembre 1997 e successivamente, il 20 ottobre 1998, lo cita in giudizio per il 20 aprile 1999.